Το Συμβούλιο της ΕΕ αποτελεί ενιαία νομική οντότητα, αλλά συνέρχεται σε 10 διαφορετικές «συνθέσεις», ανάλογα με τα προς συζήτηση θέματα.

Δεν υπάρχει ιεράρχηση μεταξύ των συνθέσεων του Συμβουλίου, αν και το Συμβούλιο «Γενικές Υποθέσεις» έχει ειδικό συντονιστικό ρόλο και είναι υπεύθυνο για θεσμικά, διοικητικά και οριζόντια θέματα. Το Συμβούλιο «Εξωτερικές Υποθέσεις» έχει επίσης ιδιαίτερα καθήκοντα.

Οποιαδήποτε από τις 10 συνθέσεις του Συμβουλίου μπορεί να εκδώσει πράξη που εμπίπτει στην αρμοδιότητα άλλης σύνθεσης. Για το λόγο αυτόν, όταν μια πράξη εκδίδεται από το Συμβούλιο, δεν αναφέρεται η σύνθεση που την ενέκρινε.

Σύνοδοι του Συμβουλίου

Στις συνόδους του Συμβουλίου παρίστανται αντιπρόσωποι σε υπουργικό επίπεδο από κάθε κράτος μέλος. Συνεπώς, οι συμμετέχοντες μπορεί να είναι υπουργοί ή υφυπουργοί. Έχουν δε το δικαίωμα να δεσμεύουν την κυβέρνηση της χώρας τους και να ψηφίζουν. Στις συνόδους του Συμβουλίου καλούνται επίσης και οι αρμόδιοι ανά τομέα ευρωπαίοι Επίτροποι. Η Ευρωπαϊκή Κεντρική Τράπεζα καλείται όταν έχει κινήσει τη νομοθετική διαδικασία.

Σύστημα ψηφοφορίας

Η συνήθης μέθοδος ψηφοφορίας του Συμβουλίου είναι η ειδική πλειοψηφία, που χρησιμοποιείται για το 80% περίπου της νομοθεσίας της ΕΕ

Στις συνόδους προεδρεύει ο υπουργός του κράτους μέλους που ασκεί την 6μηνιαία Προεδρία του Συμβουλίου. Εξαίρεση αποτελεί το Συμβούλιο Εξωτερικών Υποθέσεων στο οποίο προεδρεύει συνήθως ο Ύπατος Εκπρόσωπος της Ένωσης για Θέματα Εξωτερικής Πολιτικής και Πολιτικής Ασφάλειας.

Το Συμβούλιο αποφασίζει με απλή πλειοψηφία, ειδική πλειοψηφία ή ομοφωνία, ανάλογα με την απόφαση που πρέπει να ληφθεί.

Το Συμβούλιο ψηφίζει μόνο εφόσον παρίσταται η πλειοψηφία των μελών του. 

Δημόσιες συνεδριάσεις

Οι συνεδριάσεις του Συμβουλίου είναι δημόσιες όταν συζητεί ή ψηφίζει επί πρότασης νομοθετικής πράξης. Στις περιπτώσεις αυτές, προβλέπεται στην ημερήσια διάταξη ένα μέρος με τίτλο "Νομοθετικές διαβουλεύσεις" . Η πρώτη σύσκεψη του Συμβουλίου επί σημαντικών μη νομοθετικών προτάσεων είναι επίσης δημόσια.

Επιπλέον, το Συμβούλιο διεξάγει τακτικά δημόσιες συζητήσεις για σημαντικά θέματα που άπτονται των συμφερόντων της ΕΕ και των πολιτών της. Η συζήτηση για το 18μηνο πρόγραμμα του Συμβουλίου Γενικών Υποθέσεων καθώς και οι προτεραιότητες των άλλων συνθέσεων του Συμβουλίου, όπως και η συζήτηση για το 5ετές πρόγραμμα της Επιτροπής, είναι δημόσιες.